La costruzione del convento iniziò nel 1628 e i lavori furono ultimati nel 1739. Una delibera dei Giurati di Salemi del 23 marzo 1596 chiedeva l’istituzione nella città di un Collegio della Compagnia di Gesù, per “il beneficio pubblico delle anime e per tenersi le scuole ad insegnarsi dottrina e virtù ai figlioli”, assegnando un assegno annuo di onze cento. Alla realizzazione dell’opera contribuirono quattro filantropi salemitani: il sacerdote Leonardo La Rocca, Don Giuseppe Gangi, Donna Raffaella Tagliavia e Don Tommaso Clemenza. Non si conosce l’architetto che ha redatto il progetto originario ma sappiamo che i Gesuiti avevano progetti prototipi che adattavano a seconda delle esigenze topografiche locali. Inoltre, disegni originari del Collegio salemitano – nonché di altri siciliani – sono conservati nella Biblioteca Nazionale di Parigi. Sono piante interessanti che indicano i vari locali del collegio e la loro destinazione d’uso. Il collegio possedeva scuole inferiori, di filosofia, teologia e morale e disponeva di un’ampia biblioteca con libri di medicina, scienza, filosofia, teologia, geometria, geografia, aritmetica, storia di santi quaresimali e classici latini. Il collegio fu utilizzato dai Gesuiti fino al 1767, quando furono espulsi dalla Sicilia. Ritornati nel 1819, riebbero tutto il complesso fino al 17 giugno 1860, quando Giuseppe Garibaldi, con suo decreto, li allontanò dall’Isola. Dopo la partenza dei Gesuiti, i locali furono destinati, in un primo tempo, a ospedale, poi, in seguito alle leggi eversive del 1866-67, a locali scolastici. Il terremoto del 1968 rese inagibile gran parte dell’edificio che venne restaurato negli anni Ottanta. Nel 1982, venne stipulata una convenzione tra il Sindaco Giuseppe Cascio Favara e Mons. Costantino Trapani (vescovo di Mazara del Vallo) con la quale tutte le opere d’arte delle chiese distrutte o danneggiate di Salemi venivano cedute in “comodato e deposito” al Comune. Successivamente furono costituite le sezioni di Archeologia, Risorgimento, il Museo della Mafia e Officina della legalità e l’ultimo Ecomuseo del Grano e del Pane. La facciata prospiciente la via D’Aguirre, ritmata da paraste piatte in pietra “campanedda”, è in perfetta geometria verticale e orizzontale con le finestre. Questo ritmo architettonico, tipicamente manierista, è interrotto da un portale d’ingresso monumentale, anch’esso in pietra “campanedda”, sormontato dallo stemma della compagnia di Gesù e da un balcone con timpano a linea curva. Da questo ingresso, si accede al grande cortile interno, di forma quadrangolare che, secondo i disegni progettuali, avrebbe dovuto essere dotato di un porticato, con archi sostenuti da colonne. Il cortile minore, detto “delle carrette”, di forma rettangolare, è stato notevolmente modificato.