È costituito da cinque sale che partono dalla Preistoria fino ad arrivare al Medioevo ed ospita i reperti portati alla luce nel corso delle campagne di scavo condotte negli anni nel territorio salemitano: Contrada Pitrazzi, Mokarta, Monte Polizo, centro storico, San Miceli.

La sezione Archeologica nasce nel 2005 in collaborazione con la Soprintendenza dei BB.CC.AA della Provincia di Trapani e con la mostra ”10 anni di scavi archeologici nel territorio di Salemi: 1995-2005”.

La sezione Archeologica è stata successivamente riallestita nel 2011 e con l’intento di raccontarne in amniera stabile i diversi contesti archeologici presenti sul territorio di Salemi.

I reperti archeologici esposti rappresentano i più significativi ritrovamenti effettuati durante le campagne di scavo effettuate negli ultimi dieci anni nei siti di Mokarta, Monte Polizo e all’interno del Castello normanno-svevo da un consorzio di Università straniere composto dalla Goteborg University (Svezia), Oslo University (Norvegia), Stanford University (USA) e Northen Illinois University (USA), oltre che dalla Soprintendenza ai beni Culturali di Trapani.

Fra i reperti di particolare pregio i “vasi a tulipano” del villaggio preistorico di contrada Mokarta, la Capeduncola rinvenuta a Monte Polizzo e l’orecchino aureo con testa leonina, ritrovato nelle vicinanze del castello Normanno Svevo di Salemi.